إن نشاطات مشروع المياه كما هو في الإتفاقية المالية منظّمة في فئتين تنعكسان في الهيكلية التنظيمية للوحدة كالآتي:
1. نشاطات وحدة المشاريع و الأعمال التي تركّز على الأسس التجارية و اشراك القطاع الخاص في القطاع و الذي بواسطته يكون الهدف الأول لمشروع المياه " إن خدمات المياه سوف تعمل بمبادئ و أسس تجارية" قد أصبح بالإمكان تحقيقه.
2. نشاطات وحدة رقابة وحدة رقابة قطاع المياه المسؤولة عن تطوير و مراقبة أداء الإجراءات الرقابية في إدارات المياه و تهيئة الأرضية للبيئة الرقابية المكتملة. و هذا يخدم الهدف الثاني من ةمشروع المياه" إن الأساس لتحقيق الرقيب المستقّل لقطاع المياه بالضروروة يحتاج قراراً حكومياً"َ.
كلا الوحتين يساندهما قسم الإدارة و المالية بالإضافة لقسم تكنولوجيا المعلومات و مرشد اعلامي للعلاقات العامة.